Gia đình của vị vua này được biết đến từ một số nguồn. Một di tích từ đảo Sehel cho thấy Sobekhotep cùng với người cha Mentuhotep, mẹ của ông là Iuhetibu (Yauheyebu), em trai của ông là Seneb và Khakau, và một người em gái có tên là Reniseneb. Reniseneb là con gái của Iuhetibu với người chồng thứ hai là Dedusobek.[2]

Sobekhotep III có hai người vợ, Senebhenas và Neni. Một tấm bia từ Koptos (Qift),[3] ngày nay nằm tại Louvre (C 8), đề cập tới những người con gái của Nenni: Iuhetibu (Fendy) và Dedetanqet. Iuhetibu Fendy đã viết tên của bà trong một đồ hình.[2] Đây là lần thứ hai trong lịch sử Ai Cập, một người con gái của đức vua được nhận vinh dự này.

Senebhenas được miêu tả cùng với Sobekhotep trên một bệ thờ tại đảo Sehel và một tấm bia tại Wadi el-Hol.[3] Tấm bia này miêu tả Sobekhotep III phía trước vị thần Monthu. Ông nhận được một ankh và một quyền trượng was từ vị thần. Sobekhotep được theo sau bởi người cha của ông Montuhotep, người mẹ Iuhetibu của ông, và người vợ Senebhenas của ông.[2]